2019

• 研討會   孫元勳*, Secondary poisoning might be the reason caused Black Kites endangered in Taiwan, The 11th Asian Raptor Research and Conservation Network International Symposia, Bali, 印度尼西亞共和國
• 研討會   孫元勳*, 度冬大杓鷸在芳苑濕地的時空分布及活動模式, 2019年動物行為與生態學研討會, 台北, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 實現自然資源共管的第一步–以屏東縣來義鄉狩獵自主管理計畫為例, 2019年動物行為與生態學研討會, 台北, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, Stream type influences food abundance and reproductive performance of a stream specialist: the Brown Dipper (Cinclus pallasii), Journal of Ornithology,, 160
• 期刊   孫元勳*, Frequent detection of anticoagulant rodenticides in raptors sampled in Taiwan reflects government rodent control policy., Science of The Total Environment, 691

2018

• 研討會   Recent incidents of farmland bird poisoning suggest secondary poisoning crisis of Black Kite during the 1980s in Taiwan., 27th International Ornithological Congress, Vancouver, Canada, 加拿大, 中華民國
• 研討會   Outreach Program of Eagle Feather Art for Rukai and Paiwan Tribes in Taiwan, The 10th Bilateral Conference between Kasetsart University and National Pingtung University of Science and Technology, 春逢, 泰王國(泰國)
• 研討會   評估以人工棲架吸引猛禽控制農田鼠害之可行性, 2018動物行為與生態研討會, 新竹, 中華民國
• 研討會   排灣族永續利用熊鷹羽毛與熊鷹保育策略研究, 2018動物行為與生態研討會, 新竹, 中華民國
• 研討會   屏東縣來義鄉排灣族的民族鳥類學: 以南和、文樂及古樓部落為例, 2018年原住民族研究論文發表會, 嘉義, 中華民國
• 研討會   屏東地區黑鳶族群監測暨農田鼠害生物防治推廣, 2018動物行為與生態研討會, 新竹, 中華民國
• 研討會   冬季流量對河烏繁殖棲地之影響, 2018動物行為與生態研討會, 新竹, 中華民國
• 期刊   Recent incidents of farmland bird poisoning suggest secondary poisoning crisis of Black Kite during the 1980s in Taiwan, Journal of Raptor Research, 52(3), 326-337
• 期刊   Flood avoidance behaviour in Brown Dippers, Ibis,, 160, 179-184

2017

• 研討會   The natal dispersal and survival crisis of juvenile Black Kite (Milvus migrans) in Taiwan, The 10th International Conference on Asian Raptors, Davao City, Philippines., 馬尼拉達沃, 菲律賓共和國
• 研討會   The Black Kite Suffered Secondary Poisoning Crisis Due to Intentional Poisonings of Farm Land Birds in Taiwan, Annual Meeting of the Raptor Research Foundation, Salt Lake City, Utah USA, 美國, 美國
• 研討會   Radar study on Gray-faced Buzzard migration in Taiwan., The 10th International Conference on Asian Raptors, Davao City, Philippines., 馬尼拉達沃, 菲律賓共和國
• 研討會   Assessment of the Exposure to Anticoagulant Rodenticides in Three Raptor Species of Taiwan., Annual Meeting of the Raptor Research Foundation, Salt Lake City, Utah USA, 美國, 美國
• 期刊   The Effects of Rainfall, Temperature, and Wind on a Community of Montane Birds in Shei-Pa National Park, Taiwan., Zoological Studies, 56, 23
• 期刊   Flood avoidance behavior in Brown Dippers Cinclus pallasii, Ibis, 160, 1
• 期刊   The Effects of Rainfall, Temperature, and Wind on a Community of Montane Birds in Shei-Pa National Park, Taiwan, Zoological Studies, 56

2016

• 研討會   洪孝宇, 汪采葳, 孫元勳*, 丘明智, 郭美華, 流量和溪流型態影響河烏的食物資源和繁殖表現, 2016年動物行為暨生態研討會, 台中, 中華民國
• 研討會   洪孝宇, 汪采葳, 孫元勳*, 丘明智, 郭美華, 洪水如何影響河烏的繁殖產出? 發生洪水的時間比流量更關鍵, 第11屆海峽兩岸鳥類學術研討會, 台中市, 中華民國
• 期刊   Using molecular scatology to identify aquatic and terrestrial prey in the diet of a riparian predator, the Plumbeous Water Redstart Phoenicurus fuliginosa, Bird Study, 62, ----
• 期刊   Length of the recovery period after extreme flood is more important than flood magnitude in influencing reproductive output of Brown Dippers (Cinclus pallasii) in Taiwan., The Condor, ----, 118
• 期刊   應用次世代定序分析褐河烏(Cinclus pallasii Temminck, 1820)糞便殘存DNA探討其非繁殖季之食性。, 台灣昆蟲, 35, ----

2015

• 研討會   黃永坤, 姜博仁, 孫元勳*, The Movement and Habitat Use of Juvenile Mountain hawk-eagle (Nisaetus nipalensis) in Southern Taiwan., The 9th Asian Raptor Research and Conservation Network (ARRCN) Symposium, Thailand, 中華民國
• 研討會   黃永坤, 姜博仁, 孫元勳*, 台灣南部熊鷹幼鳥的移動與棲地利用, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   林惠珊, 曾建偉, 孫元勳*, Illegal Hunting and Feather use of Mountain Hawk-Eagles by local peoples in Southern Taiwan, The 9th Asian Raptor Research and Conservation Network (ARRCN) Symposium, Chumphon, 中華民國
• 研討會   林惠珊, 曾建偉, 孫元勳*, 2011-2015 年間黑鳶生存困境探討及族群監測, 第五屆台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 洪笑宇, 姚正德, 猛禽農藥次級中毒事件之初探, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, Dispersal behavior of young Tawny Fish Owls Wulin, Taiwan, The 9th Asian Raptor Research and Conservation Network (ARRCN) Symposium, Thailand, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 黑鳶羽毛內重金屬之時間變化, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 領角鴞的僵直姿勢是否具有偽裝功能, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 殺鼠劑對猛禽的次級毒害及屏東縣鳳梨農使用殺鼠劑的現況調查, 2015動物行為暨生態學研討會, 嘉義縣, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 武陵地區黃魚鴞(Ketup aflavipes)之移動模式與幼鳥播遷, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 台灣熊鷹的冠羽多型性初探, 2015台灣猛禽生態研討會, 台北市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 一件疑似黃魚鴞(Ketupa flavipes)爭奪領域致死的案例, 2015動物行為暨生態學研討會, 嘉義縣, 中華民國
• 研討會   The Movement and Habitat Use of Juvenile Mountain hawk-eagle (Nisaetus nipalensis) in Southern Taiwan., The 9th International Conference on Asian Raptors, Chumphon, Thailand, 春蓬府, 泰王國(泰國)
• 研討會   ILLEGAL HUNTING AND FEATHER USE OF MOUNTAIN HAWK-EAGLES BY LOCAL PEOPLE IN SOUTHERN TAIWAN, The 9th International Conference on Asian Raptors, Chumphon, Thailand, 春蓬府, 泰王國(泰國)
• 研討會   猛禽農藥次級中毒事件之初探, 2015台灣猛禽生態研討會, 臺北, 中華民國
• 研討會   台灣南部熊鷹幼鳥的移動與棲地利用, 2015台灣猛禽生態研討會, 臺北, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, Length of the recovery period after extreme flood is more important than flood magnitude in influencing reproductive output of Brown Dippers (Cinclus pallasii) in Taiwan, The Condor , 118, 3, 640-654

2014

• 研討會   黃永坤, 孫元勳*, 排灣族的熊鷹民族生物學、羽飾文化與利用現況之研究, 2014熊鷹保育論壇, 屏東, 中華民國
• 研討會   謝季恩, 孫元勳*, 屏東縣地區農民使用農藥造成鳥類死亡之現況, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   潘鈺婷, 池羽軒, 張鈞普, 孫元勳*, 東港翠鳥(Alcedo atthis)繁殖生物學研究, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   洪孝宇, 汪采葳, 孫元勳*, 丘明智, 郭美華, 極端氣候下關聯族群的重要性-以河烏為例, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   汪采葳, 洪孝宇, 孫元勳*, Relationship between stream habitat types and annual fecundity of Brown Dipper Cinclus pallasii in Taiwan, 26th International Ornithological Congress, Tokyo, Japan, 中華民國
• 研討會   汪采葳, 洪孝宇, 孫元勳*, 溪流型態與河烏(Cinclus pallasii)繁殖表現的關聯, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   池羽軒, 孫元勳*, 以普通翠鳥(Alced atthis)胸羽監測東港溪流域重金屬汙染之探討, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   杜昆盈, 孫元勳*, Extreme weather events influence reproduction and trigger extraordinary movements of Brown Dipper Cinclus pallasii in Taiwan, 26th International Ornithological Congress,, Tokyo, Japan, 中華民國
• 研討會   杜昆盈, 孫元勳*, 利用驅趕裝置改變台灣夜鷹(caprimulgus affinis stictomus, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   曾建偉, 孫元勳*, 東方草鴞(Tyto longimembris)野外調查方法之研究, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   曾建偉, 孫元勳*, , THE STUDY FIELD SURVEY IN THE EASTERN GRASS-OWL (TYTO LONGIMEMBIRS), The 8th International Conference on Asian Raptors, Pune, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 黃永坤, 洪孝宇, 蔡偉勛, Breeding biology of Tawny fish-owls Ketupa flavipes at Wuling, central Taiwan., The 8th International Conference on Asian Raptors., Pune, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 黃永坤, 洪孝宇, 蔡偉勛, 高屏、台東地區熊鷹生態與非法獵捕概況, 2014熊鷹保育論壇, 屏東縣, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 張鈞普, 環境因子對翠鳥覓食棲地高度選擇之影響, 2014年動物行為暨生態學研討會, 台中市, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, Does concealing posture in Collared Scops Owl (Otus lettia) have masquerading function?, 26th International Ornithological Congress, Tokyo, Japan, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, The seasonal home range and movements of Mandarin Ducks Aix galericulata on tributaries of the Tachia River, central Taiwan, Forktail, 41-43

2013

• 研討會   陳宏昌, 孫元勳*, 領角鴞(Otus lettia)的僵直姿勢是否具有偽裝功能, 2013年動物行為暨生態研討會, 花蓮縣, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 2011-2012年七家灣溪鉛色水鶇(Phoenicurus fuliginosus)繫放個體之回收情況, 2013年動物行為暨生態研討會, 花蓮縣, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 洪水導致河烏(Cinclus pallasii)繁殖比例降低, 2013年動物行為暨生態學研討會, 花蓮市, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, Impact of extreme flooding on the annual survival of a riparian predator, the Brown Dipper Cinclus pallasii, Ibis, 155, 2, 377-383

2011

• 期刊   孫元勳*, 李靜峰, 王穎, Habitat selection by tawny fish owl (Ketupa flavipes) in Taiwan, Journal of Raptor Research, 34, 102-107
• 期刊   孫元勳*, 裴家騏, 地景對鳥類群聚組成影響初探, 中華林學季刊, 31, 4, 325-342

2010

• 研討會   孫元勳*, 南北大武山赫氏角鷹族群監測與獵捕壓力, 2010年動物行為、生態暨生物教育研討會, 中華民國

2009

• 期刊   林幸助*, 徐崇斌, 葉昭憲, 官文惠, 彭宗仁, 高樹基, 蔡尚悳, 郭美華, 葉文斌, 楊正澤, 吳聲海, 曾晴賢, 孫元勳, 邵廣昭, 武陵溪流生態系長期生態研究與生態模式建構, 國立臺灣博物館學刊, 國立臺灣博物館, 62, 2, 13-24
• 期刊   丘明智, 郭美華, 曾晴賢, 楊正雄, 陳炤杰, 孫元勳*, Prey Selection by Breeding Brown Dippers, Cinclus pallasii, in a Taiwan Mountain Stream, Zoological Studies, 48, 6, 761-768
• 期刊   孫元勳*, 黃永坤, 蔡偉勛, 洪孝宇, 陳炤杰, Breeding-season diet of the Mountain Hawk-Eagle in southern Taiwan, Journal of Raptor Research , 43, 2, 159-163

2008

• 研討會   孫元勳*, Nesting and Breeding Behaviors of Mountain Hawk-Eagle in southern Taiwan, 5th symposium on Raptors and Local People in Asia, Tam Dao, 中華民國
• 期刊   丘明智, 孫元勳, 郭美華*, 洪孝宇, 陳炤杰, Effects of flooding on avian top-predators and their invertebrate prey in a monsoonal Taiwan stream, Freshwater Biology, 53, 7, 1335-1344

2007

• 研討會   孫元勳*, Use of radar in researches for bird migration., International symposium on migratory birds-recent trend of researches and conservation efforts, Seoul, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, Radar Study on the Spring Migration Pattern of Chineses Goshawk in southern Taiwan, 野生動物保育研究學術研討會, 台北, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 熊鷹繫放研究初探, 2007年台灣鳥類繫放研討會, 中華民國
• 期刊   陳韻如, 孫元勳*, 鄧財文, 2005年春季灰面鵟鷹在台灣中南部之北返遷徙模式, 台灣林業科學, 22, 159-167
• 期刊   曾翌碩*, 林文隆, 孫元勳, 福寶與鰲鼓地區渡冬短耳鴞(Asio flammeus)食性, 台大實驗林研究報告, 21, 4, 275-282

2006

• 期刊   鄭育昇, 孫元勳*, 鄧財文, 利用氣象雷達探討2005年秋季赤腹鷹過境恆春半島之模式, 台灣林業科學, 21, 491-498
• 期刊   吳幸如, 孫元勳*, 王穎, 曾翌碩, Food habits of Tawny Fish-Owls in Sakatang Stream, Taiwan, Journal of Raptor Research , 111-119

2005

• 研討會   孫元勳*, Sex ratio and annual survival rate of Mandarin duck in Taichia Stream, Taiwan, Symposium of the 27th Meeting of International Waterbird Society, Tainan, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 雷達觀測2004年秋季赤腹鷹過境之模式, 第三屆猛禽研討會, 台北, 中華民國
• 研討會   孫元勳*, 來義、春日、霧台鄉原住民獵捕熊鷹之調查, 第三屆猛禽研討會, 台北, 中華民國

2004

• 期刊   孫元勳*, 吳幸如, 王穎, Tawny Fish-Owl Predation at Fish Farm in Taiwan, Journal of Raptor Research, 38, 326-333
• 專書   孫元勳*, 雪霸的鴛鴦奇緣, 雪霸國家公園管理處, 7, ISBN: 957-01-7870-1

2003

• 研討會   孫元勳*, Use of Weather Radar in Studying the Migrating Chinese Sparrow Hawk at Kenting, The 3rd Asian Raptor symposium, Kenting, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, 李靜峰, 劉彥廷, 陳惠玲, 姜博仁, 吳幸如, 雪霸國家公園鴛鴦的繁殖行為, 國家公園學報, 13, 95-105

2002

• 研討會   無線電追蹤在三種鳥類活動模式之運用, 第三次野生動物研究與調查方法, 中華民國

2001

• 研討會   台灣南部山區繁殖季鳥類海拔分布之初探, 臺灣生物資源調查研討會, 中華民國
• 期刊   孫元勳*, 裴家騏, 野火強度對環山地區二葉松林鳥類群聚的影響, 中華林學季刊, 34, 131-146
• 期刊   孫元勳*, 林裕盛, 黃園真, 李彥芸, 大甲溪鴛鴦捕捉技術與年齡性別判定, 國家公園學報, 11, 59-107

1998

• 期刊   孫元勳*, 王穎, 太魯閣國家公園低海拔森林鳥類混群, 中華林學季刊, 31, 3, 209-218

1997

• 期刊   孫元勳*, 王穎, 阿諾, Notes on a nest of tawny fish owl at Sakatang Stream, Taiwan, Journal of Raptor Research, 31, 387-389
• 期刊   孫元勳*, 王穎, 王侯凱, 台灣翠峰湖及青山壩鴛鴦生態之初探, 中華林學季刊, 30, 4, 401-411
• 期刊   孫元勳*, 王穎, Activity pattern of tawny fish owl, Wilson Bulleltin, 109, 377-381