2020

• 研討會   郭文健*, 以超音波水解技術提升有機廢棄物厭氧能資源轉化系統, International Sustainable Development Conference (ISDC 2020), 屏東縣, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 二相式厭氧程序共消化豬糞與果菜廢棄物在越南之可行性評估, International Sustainable Development Conference (ISDC 2020), 屏東縣, 中華民國

2019

• 研討會   郭文健*, 集中型沼氣中心建置之限制與挑戰, 東港溪流域畜牧廢水再利用與水質改善策略圓桌論壇, 屏東縣, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 集中型沼氣中心建置之限制與挑戰, 東港溪流域畜牧廢水再利用與水質改善策略圓桌論壇, 屏東, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 水量–東港溪水資源開發與限制, 東港溪流域畜牧廢水再利用與水質改善策略圓桌論壇, 屏東縣, 中華民國
• 研討會   水量–東港溪水資源開發與限制, 東港溪流域畜牧廢水再利用與水質改善策略圓桌論壇, 屏東, 中華民國

2018

• 研討會   有機廢棄物厭氧消化結合固態醱酵之生質能源效益探討, 2018廢棄物處理技術研討會, 台南成功大學, 中華民國
• 研討會   台灣地區發展厭氧生質能源的一些省思, 2018 玉山永續環境論壇暨第15屆環境保護與奈米科技學術研討會, 台南成功大學, 中華民國
• 研討會   台灣地區人工濕地推廣應用應考慮的一些因素, 第九屆海峽兩岸人工濕地研討會, 中國深圳, 大陸地區
• 期刊   利用布袋蓮、稻草及狼尾草進行固態醱酵探討能源效益之研究, 濕地學刊, 第7卷, 第1期

2017

• 研討會   Organic wastes for bioenergy-some pilot study experiences, 2017 International Forum on Food Waste Management, 台北, 中華民國
• 研討會   人工濕地在推動厭氧生質能源之應用潛勢, 第八屆海峽兩岸人工濕地研討會暨高層論壇, 銀川, 大陸地區
• 期刊   養豬場廢水生質能探討與厭氧醱酵模場案例分析, 工業材料雜誌, ----, 372

2016

• 研討會   鄧教毅, 陳翰賢, 黃雯婕, 郭文健*, 人工濕地收成布袋蓮進行固態醱酵可行性研究, 2016兩岸濕地聯合研討會, 國立嘉義大學蘭潭校區, 中華民國, 75-75
• 研討會   人工濕地收成布袋蓮進行固態醱酵可行性研究, 2016兩岸濕地聯合研討會, 嘉義, 中華民國
• 期刊   沿海地層下陷區多重功能人工濕地之效益探討—以林邊光采濕地為例, 臺灣水利, 64, 4

2015

• 研討會   黃雯婕, 鄭釋緣, 陳家敏, 郭文健*, 利用生物定量化學探討高溫厭氧消化中氮的營養鹽及毒性角色, 2015廢棄物處理技術研討會, 桃園中原大學, 中華民國
• 研討會   利用生物定量化學探討高溫厭氧消化中氮的營養鹽及毒性角色, 環工年會-廢棄物處理技術研討會, 桃園, 中華民國
• 期刊   Development of a Natural Treatment System for Stream Water Purification: Mechanisms and Environmental Impacts Evaluation, Journal of Environmental Engineering, Volume 141, Issue 11

2014

• 研討會   鄧先志, 楊磊, 郭文健*, The Treatment Efficiencies of Swine Wastewater Effluent by Different Plant Species in Subsurface Flow and Aquatic Plant Constructed Wetland Systems, 2014,14th IWA International Conference Wetland Systems for Water Pollution Control, 上海, 中華民國

2013

• 研討會   郭文健*, 有機廢棄物的厭氧共消化與副產物資源化利用, 離島地區興設生質能源中心技術研討會, 金門, 中華民國
• 期刊   邱素芳, 邱瑞宇, 郭文健*, Biological stoichiometric analysis of nutrition and ammonia toxicity in thermophilic anaerobic co-digestion of multiple organic substrates under different organic loading rates, Renewable Energy, 57, 323-329
• 期刊   J.Y. Chen, Y.J. Lin, 郭文健*, Pesticide residue removal from vegetables by ozonation, Journal of Food Engineering, 114, 3, 404-411
• 期刊   郭文健*, PCBs in Donggang watershed sediments, Taiwan, Journal of Environmental Science and Health, Part A, 46, 1-10

2012

• 研討會   吳皓瑋, 郭文健*, 藉由添加生物製劑強化兩相式高溫厭氧醱酵程序處理有機廢棄物, 2012 廢棄物處理技術研討會, 桃園中原大學, 中華民國
• 研討會   郭文健*, Performance enhancement of a two-phased thermophilic anaerobic digester by a cellulose enriched culture, 19th World Hydrogen Energy Conference 2012, Toronto, 中華民國
• 研討會   郭文健*, Bioaugmentation strategies to improve cellulolytic and hydrogen producing characteristics in CSTR intermittent fed with vegetable kitchen waste and napiergrass., 19th World Hydrogen Energy Conference 2012, Toronto, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 利用人工濕地進行都會型河川的水質改善—以屏東縣萬年溪為例, 第四屆海峽兩岸人工濕地暨第三屆台灣濕地生態系聯合研討會, 中央研究院，台北, 中華民國

2011

• 研討會   郭文健*, Thermophilic anaerobic co-digestion of kitchen waste and agricultural wastes for resource recovery, 2011 R3C International Symposium in Singapore: New Developments in Waste Management , 新加坡, 中華民國
• 研討會   郭文健*, MBR 應用於養豬廢水處理之實例探討, 第一屆兩岸/第五屆資源工程研討會, 台南國立成功大學, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 結合產氫產甲烷之高溫厭氧醱酵程序之開發, 2011年廢棄物處理技術研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 生活污水系統節能效益之研究-以大樹污水處理廠為例, 第一屆兩岸/第五屆資源工程研討會, 台南國立成功大學, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 以強化纖維分解菌提升高溫厭氧醱酵效能之研究, 2011年廢棄物處理技術研討會, 台南, 中華民國

2010

• 研討會   郭文健*, 有機廢棄物厭氧消化副產物之能源化及資源化再利用研究, 2010廢棄物處理技術研討會, 屏東科技大學, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 利用人工濕地水生植物進行營養鹽去除及生質能源再利用可行性探討, 第一屆台灣濕地生態系研討會, 國立中興大學, 中華民國
• 期刊   郭文健*, Treatment of kitchen waste using a mobile thermophilic anaerobic digestion system, Renewable Energy, 35 , 2335-2339

2009

• 研討會   郭文健*, 高屏溪下游人工濕地底泥重金屬之基線濃度, 第十三屆土壤與地下水污染整治研討會, 台灣大學，台北市, 中華民國, 197-214
• 研討會   郭文健*, 稻草及有機廢棄物高溫厭氧共消化研究, 2009廢棄物處理技術研討會 , 雲林科技大學，斗六。, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 人工濕地的規劃設計與操作維護—從水質指標參數談起, 第二屆海峽兩岸人工濕地研討會, 國立中山大學，高雄, 中華民國

2008

• 研討會   鄭幸雄, 楊耿豪, 郭文健*, 田育民, 文俊貴, 王偉強, 楊錦麟, 廢棄活性污泥與廚餘共消化產氫產甲烷技術開發, 2008廢棄物處理技術研討會, 台北, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 林春甫, 生活污水的硝化脫硝處理及回收再利用研究, 2008廢水處理技術研討會, 台北, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 林春甫, 濕地中污染物的去除問題探討–以屏東縣武洛溪人工溼地為例, 第一屆海峽兩岸人工濕地研討會, 武漢, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 濕地中污染物的去除問題探討—以屏東縣武洛溪人工濕地為例, 第一屆海峽兩岸人工濕地研討會 , 中國武漢, 中華民國, 208-215

2007

• 研討會   范文軒, 郭文健*, 有機廢棄物與豬糞尿污泥高溫厭氧共消化之研究, 2007廢棄物處理技術研討會，2007年11月23-24日，高雄大學，高雄。, 高雄, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 陳盈利, Use of a horizontal biofilter in constructed wetland to treat domestic, Innovation and Technology for On-site Systems: Proceedings of On-site ’07 Conference, , 中華民國
• 研討會   郭文健*, 賴玟融, Development of a Mobile Thermophilic Anaerobic Digestion System Treating Organic Wastes, Workshop of Anaerobic digestion in mountain area (and in isolated rural zones), June 5-7,, Chambery, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 林景和, 陳美霞, 台灣養豬廢水處理技術之現況與展望—以屏東縣武洛溪流域為例, 2007廢水處理技術研討會 , 高雄, 中華民國
• 期刊   黃傭評, 郭文健, 李振誥*, 丁澈士, 謝壎煌, River Water-Quality Improvement Using a Large-Scale Constructed Wetland in Southern Taiwan, J. Environ. Eng. Manage., 277-281
• 期刊   郭文健*, 鄭凱尹, Use of respirometer in evaluation of process and toxicity of thermophilic anaerobic digestion for treating kitchen waste, Bioresource Technology 98 (2007) , 1805-1811
• 期刊   盧惠敏*, 彭仁君, 郭文健, 葉慶龍, 丁澈士, 陳鈞華, 農村環境生物多樣性研究-以屏東縣五溝村水圳地景為例, 建築學報, 59, 163-188

2006

• 研討會   林佳弘, 郭文健*, 以中溫厭氧共消化下水道污泥與廚餘之研究, 2006年科技與管理學術研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 陳進義, 臭氧於蔬果農藥殘留去除之應用, 第31屆廢水處理技術研討會, 台中, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 曾啟峯, 薄膜生物反應器在高溫厭氧醱酵程序之應用, 第21屆廢棄物處理技術研討會, 台中, 中華民國
• 期刊   宋建明, 郭文健*, 陳鈞華, 休耕水田復育轉型成生態人工溼地之水質淨化分析研究, 北京科技大學學報, 28, 157-160
• 期刊   郭文健*, 李用屏, 磁場在工業廢水處理之應用, 北京科技大學學報, 28, 74-78

2005

• 研討會   楊磊, 郭文健*, 高屏溪人工濕地自然淨化效果評析, 高屏溪流域水資源開發與管理研討會, 屏東, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 曾啟峯, 張簡成勳, Thermophilic anaerobic digestion of kitchen waste- a pilot study, 4th International Symposium Anaerobic Digestion of Solid Waste, Copenhagen, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 曾啟峯, 張簡成勳, 廚餘的高溫厭氧醱酵及其資源化利用, 第十屆海峽兩岸環境保護學術研討會, 台中, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 張簡成勳, 二相式高溫厭氧消化有機廢棄物之設計及操作維護, 第20屆廢棄物處理技術研討會, 桃園, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 畜牧廢水之人工溼地處理及再利用, 雲嘉南濱海溼地永續發展研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 廚餘及有機廢棄物的厭氧醱酵及資源化利用, 台南縣有機廢棄物醱酵技術與實務研討會, 台南, 中華民國

2004

• 研討會   陳盈利, 郭文健*, 人工濕地在河川水質改善之應用研究, 第29屆廢水處理技術研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   邱盈達, 郭文健*, 人工濕地在集水區上游水質改善之應用－以牡丹水庫為例, 第17屆環境規劃與管理研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   呂秀月, 郭文健*, 有機廢棄物高溫厭氧消化副產物之資源化利用, 第19屆廢棄物處理技術研討會, 台南, 中華民國
• 研討會   郭文健*, 陳進義, 臭氧於蔬果農藥殘留去除之應用, 2004年公安環保月公安與環保研討會論文集, 高雄, 中華民國
• 研討會   郭文健*, Assessing the Biodegradation of Pentachlorophenol in Water System with the Acclimated Microbial Consortia by Respirometer, 10th International symposium on Microbial Ecology ,Mexico,p.270., 中華民國
• 研討會   郭文健*, A complete resource recovery of the thermophilic anaerobic digestion, Anaerobic Digestion 2004-10th World Congress, Montreal, 中華民國
• 期刊   郭文健*, 蘇姿月, Biological pre-treatment of wastewater containing sulfate using anaerobic immobilized cells, Journal of Hazardous Materials, 147-155

2003

• 研討會   Resource Recovery of Kitchen Wastes: A TAnD Approach, 76th Annual Conference and Exposition on Water Quality and Wastewater Treatment Los Angeles, California, U.S.A. , 中華民國
• 研討會   磁寶處理冷卻水及工業廢水技術改善實例, 台東縣河川流域污染防治計畫水污染防治研討會, 中華民國
• 研討會   生物製劑在廢水生物處理上之應用-以大社石化工業區污水廠為例, 2003年環境污染控制評估研討會, 中華民國
• 研討會   有機廢棄物之厭氧消化-前處理及溫度之影響, 第十八屆廢棄物處理研討會, 中華民國
• 研討會   影響人工濕地對污染物去除效率之探討, 2003年人工濕地水質淨化系統研討會, 中華民國
• 研討會   利用人工濕地進行農村水質的管理與提升, 2003永續發展科技與政策研討會, 中華民國
• 研討會   兩段式人工濕地在河川水質改善之應用-以屏東市千禧公園為例, 台東縣河川流域污染防治計畫水污染防治研討會, 中華民國
• 研討會   以高溫厭氧共消化有機廢棄物之研究, 第十八屆廢棄物處理研討會, 中華民國
• 研討會   二段式人工濕地在河川水質改善之應用, 第二十八屆廢水處理技術研討會, 中華民國

2002

• 研討會   Thermophilic Anaerobic Digestion of Kitchen Waste, 3rd International Symposium of Anaerobic Digestion of Solid Wastes, Munich/Garching, Germany, 中華民國
• 研討會   金屬表面處理業用水的節約及再利用—以燁輝鋼鐵公司為例, 第七屆水再生及再利用研討會, 中華民國
• 研討會   工業用水的節約及再利用—以燁輝鋼鐵公司為例, 第一屆台灣農業與資源經濟學術研討會論文集, 中華民國
• 期刊   人工濕地在河川水質改善之應用:以東港溪為例, 國立屏東科技大學學報第11卷第二期，pp. 113-122。

2001

• 研討會   Biological Pre-treatment of Wastewater Containing Sulfate Using Anaerobic Immobilized Cells, IWA 2nd Water Congress, 中華民國
• 研討會   生活污水之濕地處理及再利用研究, 第六屆水再生及再利用研討會，第84-91頁, 中華民國
• 研討會   水平流式生物濾床行硝化脫氮之研究, 第26屆廢水處理技術研討會論文集, 中華民國
• 研討會   以高溫厭氧消化廚餘之研究, 第十六屆廢棄物處理技術研討會, 中華民國

2000

• 研討會   Study on the Pretreatment of Sulfate-containing Wastewater Using Anaerobic Immobilized Cells, Proceedings of the 25th Wastewater Treatment Techn, 中華民國
• 研討會   Constructed Wetland in Water Quality Improvement, 73rd Annual Conference and Exposition on Water Qua, 中華民國

1996

• 研討會   Feasibility Study of Swine Wastewater Using a Horizontal, Plug-flow, Biofilter Reactor, Proceedings 21st Wastewater Treatment Technology C, 中華民國
• 研討會   Effects of Soluble Microbial Products（SMP）on the Elution of Cadmium from a Soil Column, Proceedings 11th Waste Management Technology Confe, 中華民國
• 期刊   Formation of Soluble Microbial Products during Anaerobic Treatment, Water Environment Research
• 期刊   Characterization of Soluble Microbial Products from Anaerobic Treatment by Molecular Weight Distribution and Nickel-chelating Properties, Wat. Res

1995

• 研討會   曝氣對底泥安定性影響之研究, 第二十屆廢水處理技術研討會論文集, 中華民國